در اين موقع مردم بغداد ، محمد امين را به خلافت برداشتند ، ولى ايرانيان كه از ظلم عمال هارون در آن حدود ناراضى بودند ، فرزند ديگر او عبد اللّه مأمون را كه از مادرى ايرانى متولد شده بود ، به خلافت برگزيدند و او به يارى ايرانيان ، و با استفاده از نبوغ و درايت وزير كاردانى چون فضل بن سهل ، آمادهء جنگ با برادر خود گرديد . امين دو بار براى دفع برادر ، به شرق لشكر كشيد ولى در هر دو دفعه ، شكست خورد و در سال 198 ميلادى امين به دست قواى مأمون افتاد ، و در همين سال مأمون در مرو به خلافت برگزيده شد . مأمون در آغاز كار به فضل بن سهل و ساير مدافعين ايرانى خود قول داده بود ، پس از آنكه به خلافت رسيد ، براى از بين بردن اختلافى كه بين عباسيان و علويان وجود دارد ، يكى از علويان را به ولايتعهدى برگزيند ، ولى چون خواست كه نيت خود را عملى كند ، مردم بغداد كه جملگى سنى بودند سر به مخالفت برداشتند . مأمون چون موقعيت خود را در خطر ديد ، از نظر خود عدول كرد ، نخست فضل بن سهل را كه مبلغ اين فكر بود در حمام خفه كرد ، سپس حضرت امام رضا را كه به وليعهدى در نظر گرفته بود ، به قولى مسموم ساخته و نامه‌اى به مردم بغداد نوشت و تعهد كرد كه بر سيرهء اجداد خود برود . پس از رفع اين مشكل ، مأمون براى اينكه دامن خود را از لكهء اين ننگ پاك كند ، برادر فضل يعنى حسن را به وزارت برگزيد و تا حيات داشت اين مقام را جز به ياران و تربيت - شدگان مكتب سهل به كسى واگذار نكرد . دربار مأمون ، چنان كه خواهيم گفت ، به علت آزادمنشى خليفه ، مركز اجتماع دانشمندان و فلاسفه و ميدان بحث و نظر ايشان بود . در دورهء اين خليفه ، همچنان تجزيهء ممالك بنى عباس ادامه يافت . در سال 206 هجرى ، يمن و خراسان از قلمرو خليفه خارج شد . پس از فوت مأمون ، برادرش المعتصم باللّه به خلافت نشست . اين مرد كه از اعراب و ايرانيان بيم داشت ، براى حفظ و حراست خود به عنصر ترك توسل جست و اين جماعت همان غلامان و اسرايى بودند كه از عهد هارون و مأمون به عنوان اسير يا پيشكشى به دار الخلافه فرستاده بودند . پس از چندى ، قدرت تركها بالا گرفت تا جايى كه خليفه از بيم آنان بغداد را ترك گفت و در سامرا رحل اقامت افكند . در دورهء معتصم ، افشين سردار بزرگ ايرانى ، در اثر معارضه با برادر خود به بغداد آمد ، و با قبول اسلام به كمك خليفه به منطقهء اشروسنه از بلاد فرغانه دست يافت و پس از طرد برادر به امارت آن ناحيه رسيد ، و بعدها در دستگاه ، قدرت و نفوذ فراوان يافت ، و هموست كه از طرف خليفه مأمور سركوبى بابك خرم‌دين مىشود و بر خلاف ساير سرداران ، موفق به شكست دادن او مىشود . در دورهء معتصم مازيار بن قارن كه از اسپهبدان ايرانى طبرستان بود و به آيين زردشت و آداب ايرانى علاقهء خاصى داشت ، بر خليفهء بغداد شوريد . معتصم عبد اللّه بن طاهر را به جنگ او فرستاد . مازيار شكست خورد و روانهء بغداد گرديد ، در آنجا او را به ضرب تازيانه كشتند و جسدش را در مقابل جسد بابك به دار آويختند . سپس معتصم ، به شرحى كه خواهيم ديد ، افشين را متهم مىكند كه با مازيار در احياى دين مزدكى و خرمى همدست بوده و به همين مناسبت ، دستور محاكمهء او را مىدهد .